Frederikshavn Kunstmuseum & Exlibrissammlung zeigt jährlich 6-8 wechselnde Ausstellungen dänischer und internationaler zeitgenössischer Kunst und verfügt über eine große Sammlung lokaler Kunst mit Schwerpunkt auf Karl Bovin, einem der großen dänischen Landschaftsmaler.
Darüber hinaus ist das Museum eines der wenigen europäischen und das einzige in den nordischen Ländern ein Museum für Exlibri-Kunst. Das Museum beherbergt eine der weltweit größten Sammlungen von Exlibris, bei denen es sich um Bogey-Marken handelt. Die Sammlung umfasst ca. 250.000 Originalexlibris.
Die Exlibri-Kunst platziert das Museum international, u.a. durch Zusammenarbeit mit anderen europäischen Museen und Sammlungen.